Durante sua infância, Murakami brincava com uma garota que ele chamava de Kuroneko, uma menina estranha acreditava em alienígenas. Certo dia, na tentativa de provar a existência de vida fora da terra, os dois sofrem um acidente e Kuroneko morre. Dez anos depois, uma garota exatamente igual a ela, chamada Kuroha Neko, se transfere para a turma de Murakami, e estranhos incidentes começam a ocorrer... quem é essa garota?