Na sede da GHQ, Gai faz um anúncio mundial de que o Leucócito destruirá o mundo no dia 25 de dezembro. Os remanescentes dos grupos Funeral Parlor, Kuhouin Group e Tennouzu High School escapam do Japão em um navio, onde Shibungi, lançado por Gai, dá a Shu um diário escrito por Kurosu detalhando a história do vírus Apocalypse. Em 2013, Keido, um professor universitário pesquisando sobre Ressonância Genômica, fez amizade com seu aluno Kurosu, que estava interessado em sua pesquisa. Em 2017, Kurosu se casou com sua colega chamada Saeko Shijou, indo morar com ela depois que ela ficou grávida de Mana. Em 2022, um meteorito caiu na Terra, descoberto pela primeira vez por Mana e Saeko. Em 2023, Keido e Kurosu descobriram um vírus dentro do meteorito, que reagiu quando a ressonância genômica foi usada, significando que Mana e Saeko estavam infectados. Yu, o representante do Da'ath, ofereceu-se para ajudá-los com suas pesquisas, acreditando que o vírus iniciará o Apocalipse. Yu ordenou que Kurosu não permitisse Saeko fazer um aborto durante sua gravidez com Shu, pois Mana escolheu Shu como sua companheira para começar uma nova raça depois do Apocalipse, mas depois que Saeko morreu pelo vírus após o parto, Kurosu se recusou a trabalhar com Da 'ath anymore. Keido mais tarde se juntou a Da'ath, ajudando-os a encontrar um companheiro mais adequado para Mana experimentando crianças com o vírus Apocalypse. Em 2028, Kurosu, que desde então se ocupou em encontrar uma cura para o vírus, se apaixonou por seu novo assistente Haruka, que também cuidou de Kurosu e seus filhos, casando-se com ele. Ao mesmo tempo, Keido adotou Gai, que foi vítima de tráfico de crianças, mas o sujeitou nos experimentos, eventualmente levando Gai a fugir e encontrar Shu e Mana na praia. Em 2029, no dia do incidente do Natal Perdido, Keido ficou amargo e ciumento depois de saber que Kurosu conseguiu encontrar uma cura para o vírus criando o Genoma do Vácuo, mas queria manter o fardo criando em si mesmo. Quando Kurosu pegou Keido em seu escritório, Keido matou Kurosu e roubou sua pesquisa antes que Haruka encontrasse o corpo de seu marido. No presente, Haruka revela que Mana foi capaz de entrar no corpo de Inori durante o segundo surto e lentamente tomar o controle dela porque os Vazios que Shu tem extraído são pedaços de Mana. Quando Shu tenta devolver os vazios de volta para seus amigos, todos eles se recusam a saber que ele está arriscando suas vidas, e Shu perdoa Souta por traí-lo. Shu, Tsugumi, Ayase, Argo, Shibungi, Haruka e Kurachi partem com aliados das Nações Unidas para atacar a sede da GHQ.