Yukiteru Amano é um solitário que passa o tempo escrevendo em seu diário móvel e conversando com um amigo imaginário, Deus Ex Machina. No entanto, uma manhã, ele descobre que a anotação de seu diário para o dia já foi preenchida. Mais estranho ainda, os eventos retratados no diário começam a se tornar realidade. Deus, que revela ser um Deus real, avisa Yukiteru que se ele perder seu diário, ele morrerá. Quando Yukiteru começa a usar o diário a seu favor, ele é abordado por um perseguidor chamado Yuno Gasai, que também possui um Diário do Futuro que predisse sua morte nas mãos de um serial killer, outro dono do Diário do Futuro. Ajudando-o a fugir do assassino, Yuno ajuda Yukiteru a lançar um dardo no telefone do assassino, matando-o. Depois, Deus explica as regras do jogo de sobrevivência para Yukiteru e os outros donos do diário, no qual eles devem tentar se matar para ganhar o direito de sucedê-lo.