As recorrentes alucinações traumáticas de Shu custam ao Funeral Parlor uma missão para deter um comboio. Devido a esses ataques de pânico, Gai e Ayase dizem a Shu para não se envolver mais com a Funeral Parlour. Enquanto isso, o Major General Yan, depois de colocar Keido em prisão domiciliar por roubar o meteorito do Apocalypse Virus, planeja tê-lo transportado para o exterior, mas o Funeral Parlor prepara uma operação para atacar o avião de transporte e recuperá-lo. No entanto, o avião de transporte é considerado não tripulado, e o Funeral Parlor cai em uma armadilha armada por Segai. Depois da escola, Hare bate em um Shu deprimido quando ele tenta seduzi-la, porque ela pode dizer que ele está apenas usando-a como um substituto para Inori. Hare também admite testemunhar que ele retirou o Void de Yahiro para destruir o infectado Endlave. Segai, que anteriormente tinha os Anti-Bodies se vacinando, ativa uma transmissão de ressonância genética na Torre de Tóquio, fazendo com que o meteorito espalhe o vírus Apocalypse por toda Tóquio. Com o GHQ e o Funeral Parlor em desordem devido ao vírus, os Anti-Bodies atacam ambos, no qual Rowan resgata Keido de seu confinamento e leva Haruka como prisioneiro. Finalmente, Keido observa o caos da sede da GHQ, declarando que ele terminará o que começou há dez anos.